먼저 폐막식은 12일 저녁 7시30분부터 엑스포홀에서 50여분동안 진행된다. 폐막식의 서막은 소년의 인트로 퍼포먼스를 시작으로 미지의 바다를 향한 인류의 도전과 역사를 표현한 군무 ‘시작의 기억’으로 시작한다.
오프닝 퍼포먼스가 이후 102개 참가국과 4개 국제기구 기수단이 등장한다. 이어 강동석 여수세계박람회 조직위원장과 페르디난드 나기 BIE 의장의 인사말이 끝이 나면 해군의장대에 의해 내려진 BIE기가 조직위원장을 거쳐 BIE 의장에게 반환된다.
이어서 여수엑스포 유치에서부터 준비, 개막 그리고 93일간의 기록을 담은 ‘93일간의 기억’이 5분 동안 상영된다. 이어서 전시관 상설공연팀과 한국의 전통공연팀의 퍼포먼스인 ‘세계가 하나되어’가 8분간 공연된다.
그 다음 김황식 국무총리의 폐회사가 이어지고 곧이어 여수엑스포의 정신적 유산을 담은 ‘여수선언’의 내용을 담은 4분짜리 테마영상 ‘미래를 위한 약속’이 이어진다.
폐막식의 마지막은 종사자와 관람객이 만든 엑스포 현장, 엑스포가 만든 벽화, 엑스포의 내일이 영상으로 나오면서 엑스포 종사자 합창단의 로고송 공연이 대미를 장식한다.
이어서 식후 행사가 8시20분부터 해상무대에서 진행된다. 식후행사는 엑스포 기간내 가장 많은 관람객을 모은 아르헨티나 탱고팀과 앙골라 문화공연팀이 서막을 연다.
공연에 이어 8시38분에는 엑스포 기간 하루도 쉬지 않았던 마지막 빅오쇼가 22분간 진행된다. 빅오쇼가 끝이 나면 엑스포 주요 출연진이 등장해 해상쇼 앤딩곡에 맞춰 강강술래 퍼포먼스가 이어지고 마지막은 엑스포 관련 음원으로 연출된 오션 판타지 불꽃쇼가 15분 동안 내해 전 해상에서 화려하게 펼쳐진다.